在2002年之前，德国的金融行业监管工作由三个独立的机构负责。随着《金融服务和一体化法》的通过，BaFin于2002年5月成立。该法令和三个机构合并的目的是创建一个能够覆盖所有金融市场的综合金融监管机构。合并后的机构分别是联邦银行监管办公室，联邦证券交易监管办公室和联邦保险监管办公室。随着《2003年银行法》的通过，BaFin承担了进一步的责任，其目的是增强对客户的保护并提高德国金融体系的声誉， 还拥有监测金融机构的信誉、并收集有关它们的详细信息的额外权利。这一特殊责任是与德国央行共同承担的。目前，由于欧洲中央银行正在接管监督银行业的责任，BaFin正处于一个过渡阶段。